2000年4月3日，北京大學與原北京醫科大學合併，組建了新的北京大學。原北京醫科大學的前身是國立北京醫學專門學校，創建於1912年10月26日。20世紀三、四十年代，學校一度名為北平大學醫學院，並於1946年7月併入北京大學。1952年在全國高校院系調整中，北京大學醫學院脫離北京大學，獨立為北京醫學院。1985年更名為北京醫科大學，1996年成為國家首批“211工程”重點支援的醫科大學。兩校合併進一步拓寬了北京大學的學科結構，為促進醫學與人文社會科學及理科的結合，改革醫學教育奠定了基礎。

黨的十八大以來，在以習近平同志為核心的黨中央堅強領導下，北大加快推進高品質內涵式發展，在建設中國特色世界一流大學的新征程上取得新突破。2018年5月2日，習近平總書記到北大考察，並在北大師生座談會上指出：“近年來，北大繼承光榮傳統，堅持社會主義辦學方向，立德樹人成果豐碩，雙一流建設成效顯著，服務經濟社會發展成績突出，學校發展思路清晰，辦學實力和影響力顯著增強，令人欣慰。”在習近平總書記的勉勵和指引下，北京大學再接再厲、接續奮鬥，堅持當好培養高素質拔尖創新人才的搖籃、創造前沿科技和先進思想文化的重要陣地、服務國家高品質發展的樞紐平臺、推動高水準對外開放的橋樑紐帶，在新征程上不斷譜寫建設中國特色世界一流大學的嶄新篇章。

現任校黨委書記郝平、校長龔旗煌。